將陰莖的深層筋膜去除後,可觀察到可觀察到深層的神經與血管。位於最中央的為單一一條的陰莖背部深層靜脈deep dorsal vein of penis,往外側為左右各一的陰莖背動脈dorsal artery of penis,於動脈更外則為陰莖背部神經dorsal nerve of penis。其中陰莖背部深層靜脈負責回收海綿體的靜脈血,再直接送回前列腺周邊的靜脈叢;陰莖背部動脈則供應海綿體周圍的纖維組織;至於陰莖的感覺及交感神經主要來自於陰莖背部神經,此神經為會陰神經深枝的終末枝。
陰莖根部root包括陰莖球bulb和一對的陰莖腳crura of penis,其中陰莖球由尿道海綿體基部膨大所形成,陰莖腳則由一對的陰莖海綿體則貼著左、右的坐恥枝下行。其中球海綿體肌bulbospongiosus包覆著陰莖球及陰莖海綿體的近端部分,坐骨海綿體肌ischiocavernosus則包覆陰莖腳。此兩塊肌肉可以幫助男性的勃起與尿液、精液的排空,因此雖然女性也有相同肌肉,但是男性的肌肉發達許多。
淺會陰橫肌superficial transverse perineal muscle位於泌尿生殖三角的後緣,為細長、橫走的肌肉,會和球海綿體肌一同附著於正中央的會陰體perineal body (影片中未顯示),可以共同幫助支撐骨盆膈pelvic diaphragm,此外淺會陰橫肌收縮可以提供一個穩定的基礎讓陰莖勃起。
內陰動脈的深層分枝走在會陰深陷凹、白色的會陰膜深處,包在深會陰橫肌deep transverse perineal muscle及尿道外括約肌external urethral sphincter內,為了清楚觀察血管,這些深層肌肉皆已去除。深會陰動脈又分為幾個小分支,其中供應陰莖球的為artery of bulb,有時會額外出現一條較細的動脈也供應陰莖球及尿道,稱為accessory artery of bulb (or urethral artery)。深枝繼續往前、越過陰莖腳的深處,成為兩條終端枝。其中陰莖背部動脈dorsal artery of penis,負責供應陰莖的皮膚、纖維組織及尿道海綿體。至於陰莖深部動脈deep artery of penis,此動脈進入陰莖腳後成為陰莖海綿體深處的動脈,會供應勃起組織。影片中將陰莖腳從中切開,可清楚觀察到陰莖背部動脈及陰莖深部動脈的分布及走向。
陰部神經離開陰部管後,分為兩枝。其中會陰神經perineal nerve再分為淺、深枝superficial and deep branches,除了供應陰囊的感覺神經 (後陰囊神經) 外,也會發出肌肉枝支配會陰的肌肉。另外一個分支為陰莖背部神經dorsal nerve of penis,最後會走在陰莖背部動脈的外側,內含陰莖的感覺及交感神經。